Chiếc A-4 Skyhawk được giao vai trò huấn luyện trên phiên bản TA-4J thay thế chiếc TF-9 Cougar như là máy bay huấn luyện phản lực nâng cao, được sơn màu trắng-cam, và phục vụ trong vài thập niên cho đến khi được thay thế bởi T-45 Goshawk. Những chiếc TA-4J Skyhawk khác được giao vai trò Huấn luyện Dụng cụ RAG tại các căn cứ Không lực Hải quân chủ yếu dưới tên gọi RCVW-12 và RCVW-4. Huấn luyện Dụng cụ RAG cho phép huấn luyện chuyển loại phản lực cho các phi công hải quân vào thời điểm còn rất nhiều phi công lái máy bay cánh quạt; cũng như huấn luyện dụng cụ hằng năm và kiểm tra phi công hải quân. Chiếc TA-4J sử dụng được gắn nắp che tháo được để phi công đang huấn luyện phải thể hiện kỹ năng lái bằng công cụ mà không bị ảnh hưởng bên ngoài. Các phi đoàn được trang bị là: VF-126 ở Miramar, VA-127 (sau là VFA-127) ở Lemoore, VF-43 ở Oceana và VA-45 (sau là VF-45) ở Key West.

Những chiếc A-4 Skyhawk khác được bố trí đến các phi đội hỗn hợp (VC) khắp thế giới để huấn luyện và các dịch vụ khác cho các đơn vị được triển khai. Đó là: VC-1 tại Barber's Point, VC-2 tại căn cứ Miramar, VC-5 ở Cubi point, Philippines, VC-8 ở Roosevelt Roads, Puerto Rico, VC-10 ở vịnh Guantanamo, Cuba, VC-12 (sau là VFC-12) tại Oceana và VC-13 ở Miramar.

Với sự nhấn mạnh đến Huấn luyện Cơ Động trong Không Chiến (ACM) trong việc thành lập Trường Huấn luyện Vũ khí Chiến đấu Hải quân (Navy Fighter Weapons School - TOPGUN) vào năm 1968, A-4 Skyhawk được TOPGUN lựa chọn như là chiếc thay thế MiG-17. Lúc đó, F-4 Phantom chỉ mới bắt đầu khai thác đầy đủ tiềm năng một chiếc tiêm kích và chưa thể hiện hết như mong muốn chống lại những đối thủ MiG-17 và MiG-21 nhỏ hơn của Bắc Việt Nam. TOPGUN giới thiệu khái niệm Huấn luyện Không chiến Khác biệt (DACT: Dissimilar Air Combat Training) dùng những chiếc A-4E.

Kích cỡ nhỏ của Skyhawk và tính năng điều khiển cực dễ ở tốc độ thấp trong tay các phi công được huấn luyện kỹ khiến nó trở nên lý tưởng để hướng dẫn những điểm chi tiết của DACT. Các phi đội thực sự bắt đầu được sơn gam màu sáng tương phản nhấn mạnh sự chuyển đổi vai trò chính là huấn luyện giả lập. Để thực hiện vai trò giả lập tốt, các kiểu A-4E và F một chỗ ngồi được sử dụng, nhưng tốt nhất là Skyhawk "Super Fox," trang bị động cơ nâng cấp J52-P-408 tương tự như cấu hình dùng bởi phi đội thao diễn Blue Angels.

Số máy bay Skyhawk dư ra từ Thủy quân Lục chiến kiểu A-4M được dùng trong cả VF-126 và TOPGUN. Mặc dù A-4 được bổ sung bởi F-5E, F-21 (Kfir), F-16 và F/A-18 trong vai trò giả lập, A-4 vẫn tiếp tục được dùng cho đến khi VF-43 cho nó nghỉ hưu năm 1993 và không lâu sau là VFC-12. Những chiếc A-4 cuối cùng của VC-8 nghỉ hưu vào năm 2003.